Zgodnie ze stanowiskiem sądów administracyjnych tylko „interpretacja prawa podatkowego” jako taka chroni podatnika w postępowaniu przed organem podatkowym lub kontrolnym. Nie stanowi takiej ochrony odpowiedź organu na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa.
W sytuacji gdy podatnik nie zgodzi się z wydaną w jego sprawie interpretacją, ma prawo wezwać Ministra Finansów do usunięcia naruszenia prawa. W takiej sytuacji Minister ma prawo do zmiany stanowiska wyrażonego we wcześniej wydanej interpretacji. Takie stanowisko Ministra nie jest jednak wiążące dla organów podatkowych lub kontrolnych. Wyrokiem z dnia 4 lipca 2009 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie (sygn. akt III SA/Wa 818/09) orzekł, że odpowiedź na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa, nie może stanowić nowej wiążącej oceny stanowiska podatnika aniżeli ta, która wynika z samej interpretacji indywidualnej. W wyroku z dnia 17 czerwca 2009 r., WSA w Warszawie (sygn. akt III SA/Wa 3524/08) stwierdził ponadto, że jeżeli podatnik zdecyduje się postąpić w sposób określony przez organ wydający interpretację, powinien przedłożyć organowi otrzymaną interpretację, a nie odpowiedź na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa. Zgodnie ze stanowiskiem Sądu to właśnie zastosowanie się przez podatnika do interpretacji, a nie do odpowiedzi na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa, nie wywoła dla podatnika negatywnych skutków. Tożsame stanowisko wyraził ten sam Sąd w wyroku z dnia 13 października 2009 r. (sygn. akt III SA/Wa 899/09) stwierdził on również, że jeżeli organ uzna, że wskazane naruszenie prawa rzeczywiście miało miejsce, powinien naruszenie to usunąć poprzez stosowną zmianę interpretacji. Trybem właściwym w tym przypadku będzie tryb określony w art. 14e § 1 Ordynacji podatkowej. Zgodnie natomiast z wyrokiem WSA w Lublinie z dnia 22 kwietnia 2009 r. (sygn. akt I SA/Lu 730/08) zaskarżeniu do sądów administracyjnych podlegają pisemne interpretacje przepisów prawa podatkowego wydawane w indywidualnych sprawach, a nie odpowiedzi na wezwania do usunięcia naruszenia prawa.
Zgodnie z przytoczonym orzecznictwem należy stwierdzić, że podatnik w celu pełnej ochrony swoich interesów podatkowych, w sytuacji otrzymania negatywnej interpretacji, powinien zawsze wnieść skargę do sądu, niezależnie od otrzymanej odpowiedzi organu na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa. Podatnik powinien również domagać się zmiany samej interpretacji, a nie poprzestać na otrzymaniu korzystnej dla niego odpowiedzi na usunięcie naruszenia prawa. Skuteczna dla podatnika będzie zmiana udzielonej interpretacji, jeżeli nastąpi w trybie przewidzianym w art. 14e § 1 Ordynacji podatkowej.
