Likwidacja niezamortyzowanych części inwestycji w obcym środku trwałym skutkuje powstaniem straty. Strata taka może zostać zaliczona do kosztów uzyskania przychodów. Zaliczenie straty do kosztów uzyskania przychodów z likwidacji nieumorzonych inwestycji w obcym środku trwałym w praktyce rodzi jednak spore wątpliwości.
Analizując art. 16 ust. 1 pkt 6 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. należy stwierdzić, że ustawodawca dopuszcza sytuację, w której strata powstała w wyniku likwidacji nie w pełni umorzonych środków trwałych będzie stanowić koszt uzyskania przychodów. Na mocy tego przepisu nie są kosztami uzyskania przychodu straty, które powstały w wyniku likwidacji nie w pełni umorzonych środków trwałych, jeżeli środki te utraciły przydatność gospodarczą na skutek zmiany rodzaju działalności. Oznacza to jednoznacznie, że utrata przydatności gospodarczej przez środki trwałe z innych przyczyn, nie wskazanych w art. 16 ust. 1 pkt 6 o podatku dochodowym od osób pawnych, skutkuje uznaniem straty związanej z likwidacją środka trwałego za koszt uzyskania przychodów.
Należy wskazać, że za takim stanowiskiem opowiada się większość sądów administracyjnych. Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w wyroku z dnia 13 lipca 2010 r. (sygn. akt I SA/Wr 546/10), podobnie jak we wcześniejszym wyroku z dnia 13 marca 2007 r. (sygn. akt I SA/Wr 53/07) stwierdził, że skoro przyczyna straty powstałej w wyniku likwidacji nie w pełni umorzonego środka trwałego jest inna aniżeli wskazana w treści przepisu art. 16 ust. 1 pkt 6 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r., to z wnioskowania a contrario wynika, że podlega ona zaliczeniu do kosztów uzyskania przychodów na zasadach ogólnych, z uwzględnieniem art. 16 ust. 1 pkt 5 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. Skoro art. 16 tej ustawy, zawiera zamknięty katalog wydatków, które nie podlegają zaliczeniu do kosztów uzyskania przychodów, a wśród tych wydatków ustawodawca nie wymienia strat powstałych w związku z likwidacją nie w pełni umorzonych środków trwałych, jeżeli środki te zostały zlikwidowane z innych przyczyn aniżeli wymieniona w art. 16 ust. 1 pkt 6 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. - oznacza to, że straty te podlegają zaliczeniu do kosztów uzyskania przychodów.
Odmienne zdanie w tej kwestii często prezentują organy podatkowe, uzasadniając że podatnik nie może zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów niezamortyzowanej części inwestycji w obcym środku trwałym z uwagi na fakt, że nieumorzona wartość inwestycji nie spełnia warunków art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r., z którego wynika obowiązek wskazania racjonalnego związku przyczynowo - skutkowego pomiędzy poniesionymi kosztami a uzyskanymi przychodami. Stanowisko takie jest jednak nieprawidłowe. Należy więc liczyć, że organy podatkowe zaczną stosować preferowane przez sądy rozwiązania korzystne dla podatników.
W art. 23 ust. 1 pkt 5 i 6 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. ustawodawca zawarł identyczne regulacje prawne jak w art. 16 ust. 1 pkt 5 i 6 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. Oznacza to, że na gruncie przepisów o podatku dochodowym od osób fizycznych podatnikowi przysługuje takie samo prawo zaliczenia straty do kosztów uzyskania przychodów z likwidacji niematerialnych inwestycji w obcym środku trwałym jak na podstawie ustawy z dnia 15 lutego 1992 r.
